Η πιο ιστορική από τις σχολές. Ιδρύθηκε το 1749 ως Σχολείο του Αγίου Βασιλείου που μετά εξελίχθηκε στην "Ναυτική της Ύδρας Σχολή" με πρωτοβουλία της Δημογεροντίας του νησιού και είναι η παλαιότερη εν λειτουργία σχολή στον κόσμο. Εκεί Ιταλοί και Πορτογάλοι δίδασκαν την Ναυτική τέχνη, την θεωρία αλλά και ξένες γλώσσες. Το 1930 έγινε δημόσια και ονομάστηκε Σχολή Εμπορικής Ναυτιλίας Ύδρας αφού το 1927 είχε περάσει στην φροντίδα της Ένωσης Ναυτικών Ύδρας και λειτουργούσε ώς ιδιωτική σχολή. Κατά την Γερμανοιταλική κατοχή το διοικητήριο της σχολής το είχαν καταλάβει οι Ιταλοί για να εγκαταστήσουν το στρατηγείο τους, τότε η Σχολή δεν έπαψε να λειτουργεί αλλά συνέχισε στην Αθήνα στα γραφεία της Ένωσης Εφοπλιστών και αργότερα στον Πειραιά στην Καστέλλα μέχρι το 1949, την 1η Νοεμβρίου του ίδιου έτους οι πρώτες δύο τάξεις γύρισαν στην Ύδρα στο κτήριο που η σχολή λειτουργεί ως σήμερα.
Η σχολή βρίσκεται στο λιμάνι του νησιού, είναι αποκλειστικά Πλοιάρχων όπως ανέκαθεν ήταν και παρέχει δυνατότητα εσωτερικής φοίτησης των σπουδαστών.
Περιλαμβάνει:
- Σχολή Πλοιάρχων